메카트로닉스공학과는 기계의 메카닉과 전자의 일렉트로닉스의 합성어로 기계공학과 전자공학 기술을 배우며, 기계, 전자, ICT, 컴퓨터, 제어공학, 지능로봇, 스마트플랜트 등 공학지식을 융합하여 자동화된 시스템을 개발하거나 운용하는 전문가를 양성하는데 교육목표를 두고 있는 학과로서, 반도체공학과 관련이 깊은 나노메카트로닉스공학, 의료분야와 관련된 의용메카트로닉스공학, 광학ㆍ전자ㆍ바이오와 관련된 광메카트로닉스공학 등 다양한 학문과 융합된 학과이다.

즉, 초소형시스템 설계 및 제어기술, 마이크로 센서 및 엑추에이터의 마이크로시스템 분야인 마이크로메카트로닉스, 생물학, 기계공학 그리고 전자공학을 포함하여 로봇공학과 신경과학 등의 융합 분야인 바이오메카트로닉스, 주변의 환경을 감지하고 외부와 상호 작용을 하며, 이에 따라 행동을 변경하여 가며 작업을 수행하는 지능로봇 등을 교육한다.

또한, 여수국가산업단지에 맞추어 정보통신기술(ICT)의 융합으로 이루어지는 스마트플랜트와 관련한 기초 지식을 교육하며, 4차 산업 혁명시대의 첨단 분야를 선도하는 유능한 인력 양성 및 배출을 목표로 한다.